恩里克四世以伊莎贝尔不遵守协议为由，剥夺了她的继承权，改立他自己的女儿胡安娜，但由于恩里克有性无能之名，多数贵族均认为胡安娜的血统存在疑问。1474年，恩里克死，伊莎贝尔和胡安娜均宣布自己继位，她们分别借助夫家阿拉贡和葡萄牙的力量，得到国内一部分贵族的支持。经过4年战争，葡萄牙军队被击败，伊莎贝尔终于坐稳了王位。1479年，斐迪南也继承了阿拉贡王位，两国王室联姻形成统一王权，成为欧洲最早的集权共主联邦。(但两国仍然维持各自独立的议会、法律和税制)。
伊莎贝尔由患有精神病的王后所生，而她的女儿中也有“疯女“胡安娜，但她本人却思维敏捷，意志坚强。她与斐迪南共为国王，是强强联合的典型。国内的反对派贵族大多已在内战中被清除，这使伊莎贝尔可以顺利地加强中央集权。她将市长委任权收归国王所有，设立神圣兄弟会武装控制市政生活，使议会行同虚设，摧毁贵族的城堡，没收贵族在恩里克四世时代所得的王室领地等，并以对格林纳达用兵为由，维持了一支强大的常备军。西班牙的王权达到前所未有的程度。
西班牙的11世纪以来的历史就是基督教王公不断向伊斯兰小王国夺取地盘的历史，史称“再征服运动“，到了伊莎贝尔时代，穆斯林在西班牙只剩下最南端的最后据点-格拉纳达王国。历史将这个荣誉交给了伊莎贝尔夫妇，1490年两位国王亲率大军压境，斐迪南二世在前线搏杀，伊莎贝尔则居中调度，并负责后勤供应，还建立了战地医院。1492年，经过8个月的围困，格林纳达弹尽粮绝，末代国王巴拉迪尔出降，半岛终于统一在基督的庇护之下。这一天，欧洲所有天主教教堂钟声长鸣。
伊莎贝尔一生勤政，她的五个孩子全部在旅途中出生。她可能有洁癖，总是穿一身白色的衣服，以“白衣女王“而闻名。
作为一对虔诚的天主教夫妻国王，他们对境内的异教徒，包括犹太人和穆斯林进行了迫害，并成立了宗教裁判所。就在1492年，20万拥有财富和技术的犹太人被驱逐出境，10年后摩尔人