中世纪的伊比利亚半岛上曾存在着众多伊斯兰教和天主教小国。经过几百年的兼并，到15世纪中期，主要剩下了西部的葡萄牙、北部的纳瓦拉王国、中部的卡斯蒂利亚王国和东部的阿拉贡王国，加上半岛最南端的穆斯林小国格林纳达，其中最强大的是卡斯蒂利亚王国。伊莎贝尔是卡斯蒂利亚国王胡安二世和葡萄牙公主的女儿。1454年，胡安二世死，伊莎贝尔的异母兄恩里克四世(绰号“无能者)继位。
少女时代的伊莎贝尔很不顺利，恩里克继位后，她同母亲、弟弟阿方索搬到阿雷瓦洛一个幽闭的城堡里居住。其母(与女同名，也叫伊莎贝尔)患有精神病，时而发作。但这并不影响伊莎贝尔受到来自萨拉曼卡大学的老师们的良好教育。1468年，对恩里克四世不满的贵族们拥立阿方索为王，一场兄弟阋墙的内战由此开始，不久阿方索突然死去，反对恩里克四世的贵族又抬出了伊莎贝尔公主来继续与之对抗。最后双方终于达成和议，停止内战，全体贵族都必须宣誓效忠恩里克四世，伊莎贝尔公主则成为王位继承人，但规定她的婚事必须得到王兄的批准。
十分有心计的伊莎贝尔公主派亲信侍从到各国去私访年轻王子。反馈回来的结论是，阿拉贡王子斐迪南品貌出众、英勇善战。伊莎贝尔便与斐迪南通信往来，最后终于私定终身。但恩里克四世却要把她嫁给葡萄牙鳏居