否定了细菌战，罗斯福发现他剩余的底牌就是核武器。现阶段美国已经开始在田纳西的橡树岭修建核武器试验场。
1939年，刚到美国的爱因斯坦就给罗斯福写了1封信，在信中向罗斯福阐述了美国研发核裂变为主的核武器的必要性。
爱因斯坦在信中强调，“……我了解到德国实际上已经停止了捷克斯洛伐克矿山的铀交易，并对其进行了接管。它已经采取这样早的行动是可以理解的，根据德国副国务卿的儿子魏茨泽克，供职于柏林凯撒--威廉研究会，而在那里美国关于铀的活动1直在重复着。”
罗斯福认为，爱因斯坦是在“明示”，德国正在进行核武器研发工作。如果美国不跟上，就会赶不上德国的研发进度。
之后美国6军就开始搞起了核武器研发。罗斯福原本就默许了这些研究，1942年初，美国科学家虽然对原子弹的机制、应该努力的方向，甚至费用和时间都有了大致的构想，但核研究的庞大工程已经超过了科学研究机构的能力。
当时美国经济已经转向战争，没有1家工业公司能在短期内完成有关生产设施的建设。美国核研究的负责人之1布什认为，只有军队以最高优先权，才能在战争结束前生产出核原料来。1942年1月9日，他在给罗斯福总统的报告中，强调了原子弹的光明前景，提出把全部的研制和生产管理移交给军队。
2月17日，布什给罗斯福准备了1份将核计划全部交给军队领导执行的详细报告。此时罗斯福在白宫办公室里，早已研究了爱因斯坦的信，正1直举棋不定。接到布什的建议后，罗斯福立即批复了布什的报告。
如果细菌战不可取，喷气式战斗机也无法成为美军战胜中国军队的王牌，罗斯福只能把希望寄托在正在研发的核武器上。根据美国科学家提供的数据，1枚核武器的威力就能摧毁1座城市。
罗斯福相信美国有能力研发出核武器，但是1种不祥的念头萦绕在罗斯福心头。如果中国也拥有了核武器呢？
此时，罗斯福突然生出了1些自怨自艾，身为领导者要背负着如此沉重的压力。对于那些负责具体工作的人来说，他们只用专心于自己的专业领域即可。就如这次负责研发夜间战斗电子系统的负责人，得知了中国也有同样的夜战系统后，他强烈表达了对美国政府的不满。认为是因为美国政府立项太晚，才导致美国没能更搞出来