几乎在同一时间，地球的另一端。日本，东京都，米花町。帝丹小学的校园里，午休的铃声刚刚响过。
阳光透过樱花树（花期已过，只剩郁郁葱葱的叶子）的缝隙，在操场上投下斑驳的光影。孩子们嬉笑打闹的声音依旧，但空气中似乎弥漫着一丝与以往不同的、微妙的凝滞感。
三体人入侵、智子锁死基础科学、舰队将在四百年后抵达……这些消息如同投入平静湖面的巨石，激起的涟漪早已越过成人世界，不可避免地波及到了最敏感的孩童心中。尽管官方对未成年人的信息进行了过滤和温和化处理，但在这个信息时代，真相的碎片总会以各种方式渗透。
一年B班的教室里，大部分孩子都去了操场或食堂。靠窗的座位上，江户川柯南——身体缩小的高中生侦探工藤新一——正单手托腮，望着窗外，眼神却毫无焦点。他面前的便当盒只动了几口。
科技的绝对代差，世界观被粗暴地颠覆……这些日子以来，一种前所未有的无力感如同藤蔓，缠绕住他曾经无比自信的推理之心。当宇宙的法则可以被更高文明随意操弄，当人类的未来被明确地标上了倒计时，他那些引以为傲的、基于逻辑与证据的推理，在铺天盖地的、绝望的宏观叙事面前，显得如此渺小和苍白。他甚至开始怀疑，自己一直追求的“真相”，在这样一个荒谬的、被更高维度力量注视的宇宙里，是否还有意义。
“江户川。”清冷的女声在身旁响起。灰原哀——前黑衣组织科学家宫野志保——端着便当盒在他对面坐下。茶色的短发下，冰蓝色的眼眸平静地注视着他，深处却藏着一丝了然与担忧。
“我们仍然不能对组织掉以轻心。”灰原哀用筷子轻轻拨弄着米饭，声音压得很低，“他们是不会因为外星人入侵就放弃‘永生’或别的目标的。不如说，末日的逼近，可能让某些人的行为更加疯狂和不择手段。”
“有什么用？”柯南猛地转过头，声音里带着罕见的烦躁和一丝不易察觉的崩溃边缘的颤抖，“一切都会在两个世纪后毁灭！乌丸家族的野心家再厉害，他的组织再隐秘，能有智子锁死科技厉害？能有跨越四光年航行的舰队