彼时，天下承平，祥瑞屡现，各郡国先后上报的祥瑞异象多达八十一处。或有嘉禾生、醴泉出，或有麒麟现、凤凰集，种种吉兆，皆是朝野上下称颂帝王德政的凭证。可刘肇面对这些纷至沓来的祥瑞奏报，却始终保持着清醒与谦逊。他常对身边近臣言明，自己德行浅薄，于治国理政一道尚有诸多不足，又觉得这些祥瑞之说虚无缥缈，不足以彰显朝政实绩，于是下令将所有祥瑞奏报悉数隐没，不予宣扬，只一心专注于民生吏治。
永元四年（92年），刘肇立足朝堂稳固之势，正式推行影响深远的“永元改革”，首当其冲的便是整顿察举制度。汉代察举制本是选拔贤才的重要途径，可长期以来，却存在着一个极大的弊端——不同地区分配的察举名额完全相同。彼时，中原腹地人口稠密、文教昌盛，而边陲之地地广人稀、教化未开，相同的名额分配，无疑造成了贤才选拔的严重失衡，埋没了诸多僻远之地的有志之士。刘肇敏锐地察觉到这一制度的不公，当即召集文武百官召开朝议，共同商讨改革之策。朝堂之上，群臣各抒己见，争论不休，最终，刘肇采纳了太尉丁鸿与司空刘方的建议，颁下诏书，确立察举名额与地区人口数量挂钩的新规，人口多的郡国增加察举名额，人口少的则酌情削减。此令一出，贤才选拔更为公允，天下有识之士皆为之振奋，纷纷投身报国，为东汉朝堂注入了源源不断的活力。
永元五年（93年），边境烽烟再起，打破了短暂的安宁。此前被东汉扶持返回漠北的北匈奴於除鞬单于，见窦氏倒台、朝局变动，竟生出叛离之心，率领部众侵扰东汉边塞。刘肇闻报之后，果断下令派遣护匈奴中郎将任尚领兵出征。任尚治军严明，作战勇猛，率领汉