随后，博洛率军进攻江阴县城。原本在他看来，江阴不过是一座弹丸小城，只需传檄便可平定，却没想到江阴百姓在阎应元、陈明遇、冯厚敦三位义士的带领下，同仇敌忾，据城死守，宁死不降。博洛调集大军将江阴城团团围住，又调来数十门红衣大炮日夜轰城，可江阴军民众志成城，一次次打退了清军的进攻，甚至还主动出城夜袭，给清军造成了不小的伤亡。这场惨烈的攻防战，整整持续了八十一天，清军在城下折损了三名王爷、十八员大将，伤亡士兵数以万计。
最终，清军凭借火炮轰塌了江阴城墙，大军蜂拥入城。城破之后，博洛因为久攻不下而恼羞成怒，竟下令屠城。江阴城内的百姓无一投降，要么战死，要么自尽，数十万军民几乎被屠戮殆尽，全城最终仅剩下五十三名老幼妇孺得以幸存。这便是历史上悲壮惨烈的“江阴八十一日”，而博洛的狠辣与残暴，也随着这场屠城，传遍了整个江南。
顺治三年，博洛被清廷正式任命为征南大将军，同固山额真图赖率领大军南下，全权负责进攻浙江、福建等地的军务。博洛率领满洲八旗主力抵达南京之后，原平南大将军、贝勒勒克德浑与他完成了东南军务的交接，便带着自己的本部兵马返回北京休整。
接手东南军务之后，博洛立刻着手整顿兵马，收编了大量明朝的降兵降将，兵力迅速扩充。准备妥当之后，他兵分两路，大举进攻浙东：一路由主力马步兵组成，从杭州六和塔、富阳、严州一线涉水渡过钱塘江，从正面发起进攻；另一路则是水师部队，从鳖子门沿海岸线全线出击，配合陆路部队夹击明军。
五月二十九日夜里，鲁监国朱以海见大势已去，在张名振等将领的护卫下，仓皇离开绍兴，经台州乘船逃往海上。次日清晨，博洛便率军渡过钱塘江，亲自领兵追击。六月初一，清军顺利占领绍兴，浙东的鲁王政权就此土崩瓦解。
平定浙东之后，博洛的下一个目标便是福建的隆武政权。当时镇守福建的郑芝龙，手握十余万水陆大军，是隆武政权的支柱。清朝大学士洪承畴与郑芝龙是同乡，他写信给郑芝龙，以“三省王爵”的厚禄高官相利诱，劝其归降清廷。郑芝龙本就胸无大志，又贪图富贵，不顾儿子郑成功与麾下众将的苦苦劝阻，执意带着几个儿子北上，前往博洛