可是，当他们想到护国军此前在对抗建奴时展现出的强大战斗力。摧枯拉朽般击溃建奴大军，将入寇的建奴全歼在京畿地区，这些卫所将领心中的反抗念头瞬间就被打消了。他们很清楚，以自己麾下那些毫无战斗力的卫所士兵，根本不是护国军的对手。而且，皇太子朱慈烺向来以铁腕著称，杀人如麻，若是公然反抗，恐怕不仅自己会性命不保，整个家族都会受到牵连。
朱慈烺也并非要将这些卫所将领赶尽杀绝。为了减少改革的阻力，他特意颁布了补充规定：卫所百户每人可保留五十亩土地，千户和指挥使每人可保留一百亩土地，剩余的土地则全部收归朝廷，用于分配给护国军士兵和无地农民。
即便如此，这些卫所将领和背后的勋贵集团依然十分不满。要知道，他们原本拥有的土地少则数百亩，多则数千亩，甚至上万亩，而且这些土地大多由军户免费耕种，他们只需坐享其成，日子过得极为滋润。如今土地被大量收回，他们的利益受到了严重损害，心中自然充满了怨恨。
为了挽回损失，各地的卫所指挥使纷纷赶到京师，四处找人说情，希望能通过关系改变朝廷的决定。一些与卫所将领关系密切的勋贵，更是不惜花费重金，向朝中的文官送礼，请求他们在皇帝面前进言，制止皇太子“胡作非为”，废除这道“损害士绅利益”的圣旨。