神秘组织的先遣队在光芒中溃败，银发女人临终前的话语在叶婉脑海中回响。她抚摸着石板碎片，突然明白母亲留下的不是遗物，而是星神血脉的觉醒密码。当叶婉将石板碎片按在脊椎骨的裂缝处，整个神骸遗迹开始重组，星神的头骨从地底升起，眼窝中竟嵌着正在运转的熵核裂变弹。
"这才是叛徒的真正目的。"林宇看着弹体上的倒计时，"他要让星神骸骨成为引爆熵核的容器！"张凌突然举起哥哥的钥匙，钥匙与裂变弹产生共鸣，显示出隐藏的解除程序。但解除需要三位守护者血脉同时注入能量，而在场只有叶婉拥有星神血脉。千钧一发之际，林宇手中的星砂结晶突然爆发出强光，陈风的意识体从中浮现。
"还记得熵海的约定吗？"陈风的影像笑着伸出手，"时间之锚的力量，从来不是牺牲，而是传承。"他的手与叶婉、张凌的手交叠在钥匙上，三股力量注入裂变弹的瞬间，弹体表面的倒计时开始倒流。神秘组织首领的怒吼从时空裂缝中传来，他的身影被无数齿轮包裹，撞向正在重组的星神头骨。
最终的决战在星神头骨内部展开，首领操控的齿轮军团与觉醒的守护者战魂激烈碰撞。林宇发现首领的铠甲缝隙中露出半张机械脸——原来他在三百年前就已将自己改造成时间机器。当叶婉用星神血脉激活头骨内的星轨图，整个遗迹开始坍缩，首领的机械身体在星轨引力下寸寸碎裂，临终前他抛出水晶球，球内映出更遥远的时空裂缝。
"真正的敌人在那里..."首领的声音消散在星尘中。当尘埃落定，星神骸骨化作漫天流萤，每只流萤都载着时间囚徒的记忆碎片。叶婉接住一只流萤，看到母亲微笑着将石板交给年幼的自己；林宇接住的流萤里，父亲正在星神冢刻下最后的警告；张凌的流萤则记录着哥哥将怀表托付给战友的瞬间。
星尘号重新启航时，叶婉的石板修复了所有裂痕，新增的星图指向宇宙边缘的暗物质星云。林宇将陈风的星砂结