流寇们的队伍良莠不齐，很多老弱病残也编进了军队中。这样的人，是没有什么战斗力的。既然这些流寇归降朝廷，接受了朝廷整编。朱兴明便决定，将能打的年轻将士编入十二团营。那些老弱病残之类的，发放遣散费，让他们回乡耕田。
那些没有什么战斗力的流寇，每个人都得到了一张由太子朱兴明签署的返乡公文。拿着这张公文，就可以回到家乡，找到当地的县衙。
再由当地的知县负责安置，对于流寇们来说，这是莫大的照顾了。朱兴明此举，迅速得到了流寇的支持，这也使得他改编流寇得以顺利的进行。
至此，大明王朝国内的流寇之患，算是被彻底清除了。李自成和张献忠已死，能够威胁到大明朝廷的流寇不复存在。
当然，这也不能掉以轻心。一旦再次爆发天灾人祸，依旧还是会有人揭竿而起。
大明王朝，从一个摇摇欲坠的王超末世，终于恢复了平静。