然而更令人不安的是，秘境之中还存在一些被泰拉帝国列为“最高机密”的特殊秘境。这些特殊秘境并非天然形成，而是斯摩尔斯人专门为泰拉帝国“定制”的功能单一的极致化“战争工厂”。它们的数量不详，位置不明，功能却极为纯粹。
有一种被称为“兵营秘境”的特殊秘境。它的内部没有巢都城市，没有资源点，没有任何与生活相关的设施。它只有一个功能：每天固定生产出一定数量的、全副武装的泰拉帝国士兵。这些士兵不是从母亲腹中诞生的，不是从训练营中走出的，而是直接从秘境的核心能量中“具现”出来的。他们拥有完整的植入记忆，拥有预设的熟练战斗技能，拥有刻入灵魂的对泰拉帝国绝对的忠诚。每一天，无论前线是否在打仗，兵营秘境都会按照固定的产量，生产出数以亿兆计的、可以直接投入战场的士兵。他们不需要吃饭、睡觉或休息，唯一的存在意义就是被送到前线去战斗、去牺牲，然后在第二天被新的士兵取代。
还有一种被称为“工厂秘境”的特殊秘境。它的功能更为直接：无限复制物资装备。只要向这个秘境输入一种物资的样本——哪怕只是一个零件、一发子弹、一块装甲板——秘境内部的机制就会开始工作，以令人眼花缭乱的速度，无限地、无偿地、毫无损耗地复制出与样本完全相同的物资。一艘荣光女王级战列舰，只要将一个缩小模型送入工厂秘境，第二天秘境中就会涌出数以万计的、完全相同的、可以立即投入使用的战列舰。一个能量核心，只要将设计图纸输入秘境的控制系统，秘境就会源源不断地输出能量核心。这种工厂秘境的数量据推测至少有数十个，每一个都可以独立运转，为泰拉帝国的战争机器提供着永不枯竭的物资补给。
除此之外，还有一些功能更为奇特、却同样严格限定于生产和人口范畴的特殊秘境。有的秘境能够加速内部的时间流速，使得内部的一天相当于外部的一秒，从而在极短的外部时间内完成超大规模的生