而西迁进入朵甘都指挥使司青海蒙古的漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗，因部众粮食断绝，甚至到了杀人易食的地步。
不过为了摆脱这种困境，漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗还联络了，刚刚打入朵甘都指挥使司青海蒙古的漠北蒙古喀尔喀部却图汗：博尔济吉特·绰克图台吉，一起征服青海蒙古土默特分部。
甚至与格鲁派（乌斯藏都指挥使司藏传佛教）发生争斗，以夺取霸权领域。
为了方便还联合乌斯藏都指挥使司的藏巴汗：噶玛丹迥旺波、康区的白利土司（仁蚌巴帕竹政权首领）：月顿多吉，一起结盟，因为他们都不信仰黄教，所以被称为［反黄教联盟］。
正因有了盟友的支持，漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗一没有物资，就发兵攻打大明帝国陕西行都指挥使司甘肃总镇地区的卫所，以掠夺人口、粮食。
另一边刚投降后金汗国的，后金都元帅：孔有德、后金水师总兵：耿仲明，二人因咽不下这口恶气，便企图借助后金八旗铁骑之手来报仇雪耻。
但后金天聪汗精明，自然能洞察他们这点小心思了，便不愿被他们当枪使，而当时后金大臣们却普遍认为攻取金州卫、金州中左守御千户所（旅顺）的时机已经成熟了，还不断上奏出征。
其中以后金兵部启心郎：丁文盛、后金兵部笔帖式：赵福星，上奏称“明廷黄总镇总兵今占据金州卫与金州守御千户所，甚为我国心腹之患，前日虽欲举兵，但犹阻于水路难通，彼得捍御一面，非计之得也，今日既有船只，又有孔耿二位水师将领充当先锋，当顺水而进，随以红夷大炮攻打前方，彼必首尾难顾，而黄总镇总兵必为我军所擒，此今日之机会，决不可失。”
最终经过后金天聪汗的深思熟虑之后，也决定正式下令进攻金州卫。
6月19日，后金天聪汗派遣后金兵部承政兼镶红旗贝勒：爱新觉罗·岳讬、后金户部承政兼正蓝旗和硕贝勒：爱新觉罗·德格类，率领右翼部将有；后金先锋总兵：舒穆禄·楞额礼、后金镶红旗固山额真：完颜·叶臣。
左翼部将则由；后金镶白旗固山额真：钮钴禄·伊尔登、后金三等子爵：昂阿喇，每旗副将一员、每旗甲喇额真一员、每牛录代子一员，及旧汉军额真兼三等总兵：瓜尔佳·石廷柱、