其中魏公公还让明大理寺右寺丞：徐大化，去弹劾杨涟、明大理寺左寺丞：左光斗，宣称其；党同伐异，招权纳贿，并假借［汪文言之狱］企图谋害杨涟等人。
明北镇抚司锦衣卫指挥佥事在魏公公的授意下，开始对明中书舍人严刑逼供，要他诬陷杨涟受贿，可免他一死，但明中书舍人却宁死不屈，只能仰天大呼道“世岂有贪赃杨大洪哉。”
这样明北镇抚司锦衣卫指挥佥事无计可施，只好自己捏造供状，用来诬陷杨涟等人曾受明辽东总镇经略：熊廷弼，的贿赂二万两白银。
随即魏公公就光明正大的，派遣了北镇抚司锦衣卫缇骑与东厂锦衣卫配合，一同前去逮捕杨涟等人来京审讯。
然而在审问明中书舍人：汪文言，当中由于负责刑案画押的明北镇抚司锦衣卫指挥副使：刘侨，不愿意逼迫犯人，也不肯做此等勾当，便被魏公公给赶出了北镇抚司锦衣卫衙门。
一切审问事务均交由明北镇抚司锦衣卫指挥佥事处理。
5月初4日，明都察院江西道监察御史：田珍疏，上奏称“限禄一法，以万历四十八年见给之数禄银二十万六千两为额，根据各府宗室多寡均定，除亲王本人定额外，以现在人数为准，日后子孙增多，止在原额内均支，要在禄支不滥。”
明熹宗看后遂实行。
6月11日，远在湖广承宣布政使司德安府应山县被贬为平民的杨涟，正被北镇抚司锦衣卫缇骑给逮捕押送起京，沿途群众闻讯，皆为杨涟报不平。
他们自动夹道哭送，所过里屯村寨地区，百姓们都悉焚香祈祷，保佑杨大人早日归来。
当时在明德安府知府：李行志、明应山县知县：夏之彦，等的倡议下四门设柜，捐俸首倡，百姓们大多数都出钱捐献，以求阉党与北镇抚司能够善待杨大人，最终只筹集了一万余两白银。
6月28日，杨涟被下北镇抚司诏狱审讯，明北镇抚司锦衣卫指挥佥事直接将北镇抚司锦衣卫诏狱的诸多酷刑，以及东厂酷刑均一一用于杨涟身上，几乎把他折磨得遍体鳞伤，奄奄一息。