以明辽东都司佥书：秦民屏，为提调，明忠州总兵：杨学礼，负责督阵，前锋沿江而上，吓得叛军们不敢出。
在乘敌不备之际，直达南坪关，打算断贼归路，毕竟前去出征遵义军民府的叛军还没班师，因此很快叛军就派出部将迎战了，由叛贼：张彤，迎战明军，却被明石柱宣慰使直接斩杀。
另一边明定国将军兼诰命夫人正设伏，打算袭击两河北上夔州府的叛军，并将敌人的船只全部烧毁。
随后就派兵守住忠州，禁止叛军北上，又派快马携带檄文前去夔州府，要求当地驻军赶紧防守瞿塘卫山峡上下游地段，以击退来犯入侵的贼兵。
同时明定国将军兼诰命夫人：秦良玉，还上表了，弟弟明辽东都司佥书：秦民屏，等人的战功，结果朝廷决定封明辽东都司佥书为〈四川总镇左参将〉明忠州游击将军：秦翼明、明重庆卫副千户：秦拱明，分别为［四川总镇守备、重庆卫守备］。
9月24日，明南海子提督：刘朝，命人痛下杀手，以至其明南海子净军：王安，其死状惨酷异常。
自此以后，在整个内廷后宫之中明奉圣夫人：客印月、明司礼监秉笔太监：魏忠贤（代替王安接任司礼监秉笔太监）初期魏忠贤不识字，本不能进入司礼监，但有明奉圣夫人求情以及魏忠贤从小服侍明熹宗：朱由校，有了这些感情基础上，才破例让他总管司礼监。
再加上司礼监掌印太监位置空缺，因此魏忠贤便顺利接管过来，还把之前明南海子净军：王安，留在司礼监名下诸位宦官，逐一清除出宫，转而加派自己的人手，安插各方眼线。
10月18日，叛军首领：奢崇明，率军一路西进围攻成都府，当时城中仅有镇远营明军七百人，以及成都左护卫、成都右卫、成都中卫、成都前卫、成都后卫，这些卫所驻军2千人守城。
因此明蜀景亲王：朱志澎，担心成都府安危，就急忙传令明四川左布政使：朱燮元，全力抗击叛军以防不测！