第二轮战争主要在海上进行，虽然规模不如上一次，但涉及的范围更大。爪哇元和明朝的水师，从琉球打到满剌加，整个南洋都变成了战场。
明朝一度在满剌加筑城驻军，试图卡住海峡，切断爪哇元的贸易通道，困死他们。爪哇元则一边绕向南方，寻找新航线，一边与帖木儿帝国结盟，打跑了明军，夺回据点。而几年之后，明军又从交趾乘船南下，试图再次争夺贸易线……
零零散散的战斗，一直持续到朱元璋去世，才告一段落。然而消停了没几年，继任的天平皇帝朱标又发动了新的战争，试图从吕宋岛下手，双方再次打成一锅粥。严格来说，这一轮一直持续到现在，都没算结束。