于是大院君在日本人的扶持下第三次上台摄政。闵妃集团再次倒台，闵泳翊、闵泳骏、闵应植、闵炯植、闵致宪、金世基等闵妃集团官吏被逐出朝廷，有的甚至被流放到远方恶岛。
另一方面日本则指使大院君政权断绝与清朝的关系，将朝鲜强行拉入日本阵营。于是两天后，即7月25日，日本在丰岛海面袭击清军运兵船，挑起了中日甲午战争。闵妃尽管已经失势，但日本仍然感到她的威胁。于是日本人又策划了李埈镕谋逆事件，企图扶植大院君之孙李埈镕夺取王位。但大院君与日本貌合神离，并不支持这个行动，日本也只好作罢。
之后日本又发现了大院君在平壤战役中向清军传递情报的信件，于是彻底废弃了大院君，转而收买闵妃。日本公使井上馨向闵妃贷款三百万元，可闵妃却将这些钱暗中拿去买新式武器，另外当时闵妃主张“朝鲜中立论”，在汉城成立了贞洞俱乐部，作为西方各国驻朝外交官的会所，并利用这个俱乐部四处游说欧美列强，帮助朝鲜获得独立地位以至承认朝鲜为永久中立国。闵妃的这些行为让日本人愈发感到了她对日本吞并朝鲜的阻碍和威胁。
日本先是利用朝鲜内部的亲日派来剪除闵妃。高宗三十二年（1895年）五月，曾参与甲申政变的亲日内阁内部大臣朴泳孝企图谋杀闵妃，事泄后朴泳孝被迫亡命日本。闵妃趁机解散了亲日内阁，重新获得政权，成立了以朴定阳为首的“贞洞派”亲西方内阁，并利用俄国向日本施加压力，迫使其撤走在朝鲜的军队。从这时起，日本便开始策划杀害闵妃的行动。而闵妃亦有所察觉，下令解散日本训练的训练队，改以自己的亲信洪启薰为队长的侍卫队以拱卫宫廷。这件事成为了日本杀害闵妃的导火线。
日本人做好了杀害闵妃的准备，他们先收买了以亲日分子禹范善为队长的训练队，让他们作为前锋入宫，又挟持了大院君，以造成大院君发动政变的假象。高宗三十二年（1895年，农历乙未年）八月二十日（10月8日）凌晨，在日本驻朝公使三浦梧楼的策划下，日本陆军中佐楠濑幸彦、公使馆武官冈本柳之助等率领数百名日本浪人、500名日军守备队和1000名日本训练的朝鲜训练队冲进景福宫，遭遇朝鲜侍卫队的顽强反抗。但侍卫队只有200人，且没有配发到新式武器，故很快被日军击败，洪启薰战死