东路军没有再等待江南军的到来，而是先绕过对马和壹岐，于6月6日南下进攻博多湾。
由于镰仓幕府早在首次遭受蒙古来袭之后，就在博多沿岸构筑了石堤等防御工事，而且有四万日本武士严加守卫，元军很难找到合适的登陆地点，于是转而进军守备相对薄弱的志贺岛。
志贺岛地形狭窄，使得元朝大军团难以发挥优势，反而使得日本武士单兵作战习惯的优势得以发挥。元军在志贺这个小岛没有取得任何实质性进展。
当天夜里，日军借助夜色对停泊在志贺岛沿海的元军船只发起袭扰，且偷袭成功，焚船而逃。
元军自此加强了戒备。
日方的偷袭不但不能奏效，反而导致本国武士死伤惨重，随即下令停止夜袭。但是像伊豫国御家人河野通，有这样的顽强武士仍旧坚持连续袭扰元军。
6月7日黄昏时分，河野通有带着两艘小船对元军船只发起自杀式突袭。偷袭行动被元舰发现之后，一时间矢石如雨，河野通有五名部下立时横尸船头，其伯父也在随后的战斗中负箭身亡，河野通有本人则被石弩击中。
接下来的几天里，元日两军继续发挥各自己的优势进行对垒。面对大军压境，日军不能将元军逐出志贺岛及其附近海域，但是元军也未能成功突破日军防线，登陆该岛。双方陷入了胶着状态。