十三行的出现，是清帝国解除海禁的直接产物。1684年，31岁的康熙皇帝表示：“先因海寇，故海禁未开。为是今海寇既已投诚，更何所待。”于是，实施了28年的海禁被废除，并在次年设立了闽粤江浙4个海关，其中尤以广州海关最大。
值得注意的是，尽管大多数的外商都将海关当作中华帝国的政府部门，但实际上，4个海关却实行的是双重领导：名义上是国家财政部(“户部”)的派出机构，实际上的领导权，却在皇帝的私人机构“内务府”手上。
所有海关和大多数“常关”(设在陆路上的关税机构)，其掌门人均是内务府出身。执掌海关的“关差”，是与管理盐、漕、河同样最有油水的肥缺。海关关长(“海关监督”)的人选，形式上由各部门保举，“请旨简用”，实际上是皇帝直接任命，即便其级别不足以与地方督抚平级，其实际地位却毫不逊色。主管干部的吏部、主管财政的户部及海关所在的地方督抚，在正常情况下，都难以干预海关的人选及工作。“海关监督”一身二任，行政职务是户部的分司，任满即止，而本职则依然是内务府官员，任满后依然回到内务府，或在内务府掌控的其他机构中调任升迁。
皇帝越过政府而直接干预海关人选，严密控制海关，首先是政治上的需要：毕竟海关除了收取关税之外，在经济上还要承担外贸管理之职责，在外交上更要承担“怀柔远人”之使命，这些都关系到政权的维稳大局。其次，海关也是办理“皇差”的主要平台——这些皇差，大多数都没有、或者不便于纳入财政的计划内资金，而需要由海关悄悄地办理，海关因此成为皇帝的最大小金库之一。
正是在这样的制度设计下，海关的收入主要分成了两大块：一是应该缴纳给户部的关税，这部分实行定额制，而且定额很低;二是应该缴纳给内务府的“关余”——理论上，这应该包括关税之外的所有收入，进入皇家的小金库，不在户部的审计监控之列。
对于关税，此时家底颇厚的大清国，似乎并不十分在意。与后世一般的印象完全不同，清代的关税即便在鸦片战争之前，没有“帝国主义”坚船利炮威胁之下，也都十分低廉。
据民国学者王孝通研究，当时中国的进口税率一般低于16%，出口税率则在4%左右，比同时期实行