但是这个市长并不好当，首先是军政府刚刚成立，百废待兴。过去清政府留下的封建官僚架构已被摧毁，新的机制还未建立。
孙科走马上任后，马上着手运用他自己所学的专业知识,亲自拟定了《广州市暂行条例》57条。
条例内设公安、公务、财政、教育、卫生等市政管理条款。
接着，他又做出了广州市政建设的全面规划,包括拆除旧城墙，拓展道路等。
孙科的市政建设计划一公布，守旧人士立即愕然。当时，争议最大的是双门底城楼的拆除。
拆除城楼，为的是拓宽道路，以利交通，促进经济的发展。
但是一些顽固守旧人士借口破坏老城的“风水”，把广州的“九大善堂”和“七十二行”商董联合起来，发起了反对拆迁的行动。
一时间，广州城内乌云密布，形势非常严峻。
对此，孙科冷静异常。
他坚信自己的计划是符合市民的长远利益的，但却不与被挑拨闹事的市民硬碰。他相信，只要把道理说清楚，市民最终会理解及支持的。
他把那些别有用心，为首闹事的善堂和商董会负责人请来开会，向他们详细解释:
“厚厚的城墙，在过去抡刀弄枪的年代，或许还有-一点防卫的作用。可是到了现代，它变得就像-个蛋壳，把古老的广州城团团封闭住了。
不把“蛋壳”啄开，里面的雏鸟怎么能破壳而出，在蓝天上自由飞翔?
你看那个双门底城楼，城门狭窄，就像一个酒樽的樽颈，把出人城市的道路堵住了，当广州进一-步发展时,越来越多的车辆又怎么通过?
至于“风水”之说，无非是方士们编造的无稻之谈，双门底城楼建起了这么多年，广州还不是战乱频仍，它的“风水”又能好到了哪里去?
你们看看外国的纽约、伦敦等大城市，又有哪一个是笨到用城墙把自己围困起来的!
经过孙科心平气和的解释，终于把反对派―一说服，拆城修路的工程顺利启动了。
孙科作为广州市长，为官一方，也算造福一方。
孙科曾自豪地说，那时：“环顾国内，城市的规模略微完备的，其实是从我广州开始；从那以后，市政一词才开始风靡南北，研究试验的人渐渐多起来。”
到1926年，他曾三次担任广州市市长。在孙科的治理之下，广州有了新的变化，一座古城展现了无数的青春活力。有学者一度认为，开创了中国