众多年轻嫔妃因此丧命。
虽然拓跋珪被人因为“子立母死”制度而丧命，但是这项制度却一直在北魏实行，因此在北魏历史上，因为此想制度而丧命的后宫嫔妃众多，比如太宗明元皇帝拓跋嗣母亲景穆皇后刘氏、世祖拓跋焘母亲明元密皇后杜氏、恭宗太武敬哀皇后贺氏等等，她们都是“子立母死”制度下的受害者。北魏历史上，只有到了统治末期时的最后一位太后得以幸免，但是此时的北魏也已经走到了历史最后的尽头。
北魏后期皇室子嗣严重减少。
在封建的男权社会时期，皇帝是可以拥有三宫六院，七十二嫔妃的，嫔妃之下还有众多的美人，她们年轻时可以凭借自己的美貌获得皇帝的宠爱，但是到了年老色衰的时候，所获得的荣华富贵只能依靠自己的儿子，也就是所谓的“母凭子贵”。所以我国古代社会中的皇室子孙一般都很多。如果自己所生的儿子能够登上皇位，那么自己就可以成为太后，更是成为全天下地位最高的女子，所以我国古代社会中，后宫嫔妃之间进行斗争，除了争宠之外，更多的还是想让自己的儿子登上皇位。
但是在北魏时期指定下“子立母死”制度之后，北魏的皇室子孙数量开始逐渐减少，到了后期更是少得可怜。根据魏收在《魏书·皇后列传》中记载当时后宫嫔妃“皆愿生诸王、公主，不愿生太子。”因为自己生的儿子一旦被立为太子，那么自己不但不能够凭借儿子尊贵的地位享受荣华富贵，还会使得自己因此丧命。所以当中后宫之中，许多的嫔妃都采取多种方法来避孕，很少主动的渴求生下皇子，这样就使得北魏的皇室血脉一度凋敝，“子立母死”制度下的弊端也充分地显现出来。
统治者的乳母或保姆借机干预政治。
拓跋珪制定“子立母死”制度的本意是保证皇权的统治，并避免大权旁落到外戚的手中，所以要将母族的主要凭借势力进行打击。但是，拓跋珪却忽略了一点，那就是由于选择继承人时，继承人的年龄相对较为幼小，还需要乳母或者保姆的抚养。在长期的抚养过程中，由于继承人年龄小，很容易就对于自己的乳母或保姆产生审核后的感情和依赖。在继