《清军议》中这么记载：“故人有怀土之思，不能固守其新业。于是乎逃亡者十常八九”。
除了卫所制本身的缺陷以外，在执行的过程中也发生了偏差。
据《明实录》记载：“中外都司卫所官，惟故肥己，征差则卖富差贫，征办则以一科十。或占纳月钱，或私役买卖，或以科需扣其月粮，或指操备减其布絮，衣食既窘，遂致逃亡”。
这些负责管理卫所的官员产生了腐败行为，他们从中克扣士兵们的钱粮衣物，导致有些人吃不饱、穿不暖。连基本的生活都得不到保障，还要随时做好上前线打仗的准备，很多人受不了就一跑了之。
可以说从卫所制建立的那天开始，它就一直在面临着挑战，各种各样的问题层出不穷。等到明英宗在位时期，明朝跟北方的瓦剌军队打了一场硬仗，结果很惨，败得一塌糊涂，甚至连明英宗本人也被敌人给捉走了。这就是历史上有名的“土木堡之变”。
通过土木堡之变，说明了卫所制下练出来的军队实在是不堪一击。这次失败刺激了很多人，使得他们开始思考这个帝国的军事制度究竟应该走向何方。
募兵制
《明书戎马志》:“召募之兵，明初无有也。正统中，始募天下军余民壮为兵。景泰初，复令广召募，即以所在官司统领，遇警调用，然犹之民也。弘治中以虏警抽编，无警许罢役，遂有常饷。沿至正德，遂令分戍番操，无复休息。
从这段记载我们可以得到这么一个信息：在嘉靖之前，募兵制只是零散的、不成系统的，从嘉靖开始，募兵制才正式发展成为一种制度。
而募兵制之所以在这个时候成为一种定制，一个很大的原因就是东南地区倭寇问题已经很严重了，卫所军已经搞不定这个问题了。所以只能招募新军，重新练兵才有获胜的可能。
谈到练兵抗倭，最成功的莫过于戚继光。他作为当时抗击倭寇的最主要的将领，组建的戚家军给予了倭寇沉重的打击。
《明史》记载：“继光至浙时，见卫所军不习战。而金华、义乌俗称彪悍，请召募三千人，教以击刺法，长短兵叠用，由是继光一军特精。‘戚家军’名闻天下”。