嘉靖三十三年(1554年)，东南沿海的抗倭统帅职位落到了王直的同乡，徽州人胡宗宪的身上。为了招降这位关键人物，对徽商心理极为了解的胡宗宪先将王直的老母妻儿放出监狱，优裕供养，并让其儿子写下血书，劝王直早降。又派了两位使者去日本，封官许愿，并答应通商互市。
当其得知亲人无恙，王直喜极而泣。为了表示诚意，他先派义子毛海峰领军回国助官军剿贼，随后率精锐千余人，乘“异样巨舰”回到舟山岑港，大兴土木，预备开市。胡宗宪要他来接受官职，他坦然前去，没想到，一去便被扣留了。
胡宗宪最初的确是主张招抚的。然而残酷的现实是，明王朝根本无法容忍这位“海上帝王”，早先为擒斩王直，便曾开出“封伯爵赏万金授高官”的惊人厚赏。入骨的忌恨很快兴风作浪，胡为求自保，不得不改变了态度。
嘉靖三十八年(1559年)，王直在杭州被斩首。临刑时他不胜怨愤地说：“不意典刑兹土!”伸颈受刃，至死不求饶。
倘若王直真的没有主使海盗劫掠沿海的话，那么他最大的罪状也不过是“要挟官府，开港通市”，而终其一生卑微而终极的梦想，也不过是成为一名海上的“红顶商人”。
万千中国“倭寇”人头落地
诱杀王直，让朝廷在海商和海盗中信义尽失，他们由绝望、怨恨而至彻底堕落，很快“新倭复大至”。在俞大猷、戚继光等全力攻打下，毛海峰先据岑港坚守，后突围南下占据福建浯屿，进行了疯狂的报复，闽广遂成倭患的重灾区，沿海县城纷纷沦陷，天下震惊。古来杀降不祥，就在王直死后不久，胡宗宪也被反复弹劾并下狱，最终含恨自杀。
可以说，这是一场没有赢家的战争——万千中国“倭寇”人头落地，而连绵的动乱和镇压也极大地消耗了明王朝，亦使东南沿海富庶之区遭到严重的破坏。朝廷逐渐意识到这一点，1567年嘉靖皇帝驾崩后，新即位的隆庆皇帝立即