次日，弘光朝廷即决定“封关门总兵平西伯吴三桂为蓟国公，给诰券、禄米，发银五万两、漕米十万石，差官赍送”。
当政的文武大臣，他们共同的特点都是以起义农民为敌，而对多次犯中原，这时已经“攘取畿辅等地”的清方则一味退让，在“借虏平寇”的如意算盘下，围绕“定策”、“逆案”、“顺案”争权夺利。
而军事方面，南明最为倚重的江北四镇中，二刘之兵皆“虚夸不中用”，惟高杰兵战斗力强。高杰凶悍桀骜，却毅然拒绝清肃王“大者王，小者侯，世世茅土”的诱降，疏请以己重兵驻归德，冒大雪，沿黄河筑墙，专力防御清兵，并联络河南睢州总兵许定国“以奠中原”，不料许定国暗通清兵，设计于酒后谋害了高杰，渡河降清，并引清兵至仪封。
就在清兵迅速南下，形势危急之际，拥有数十万重兵、镇守武昌的左良玉，发兵南下，要“清君侧”、“除马阮”。马士英却公然提出：“宁可君臣皆死于大清，不可死于左良玉之手”。当时有人抗言：“淮扬最急，应亟防御。”马士英命令“有议守淮者斩”，朝议之后，竟诏史可法尽撤江防之兵以防左。
史可法以南明国防大臣的身份督师一年多，却没有任何成果，既没练兵，也没防御，更没有趁大清和大顺交战之际收复失地，一味苟安，最后清军南下，一败再败，退守扬州，以身殉国。
不多久，南明弘光政权灭亡。
因为清朝的推行民族压迫政策犯下了严重错误，南明后期得以顺势团结了几十万大顺军、张献忠的归降部队，提出反清复明的口号，共同对付清兵，曾经辉煌一时。但是各个将领依旧各自为政，南明的几个大将，孙可望后期的飞扬跋扈，最终导致众叛亲离，卖身投靠;郑成功虽然有大志、有军事才能，却私心自用，断送华南抗清大业。之后退守台湾，一心守护自己郑家的地盘;李定国也是悲剧，出滇抗清前期遭孙可望妒恨，无法在两湖、江西战场上施展雄才大略;中期寄厚望于郑成功连兵粤、闽，会师北上，得到的却是郑成功的虚应，结果导致丧师失地，南明中兴从此无望，最后只好死而后已。
南明之灭亡并不令人感到意外，昏庸的皇帝，