苏联军事侦察机关试图摸清雅科夫的下落，派出了几个营救组，均无功而返。许多地下工作者和侦察员在向莫斯科通报雅科夫的情况时暴露了身份。
德寇兴高采烈。斯大林一怒之下，命令逮捕雅科夫之妻尤丽娅·梅尔策，罪名是给德国人当间谍。尤丽娅在古比雪夫蹲了一年半的监狱，直至雅科夫去世的消息传来方才获释。
成吨的传单继续撒向苏联军队和毗邻前线的地区，传单上印有斯大林长子同德国高级军官和特工人员在一起的照片，照片下面则是“放下武器”之类的呼吁。
【雅科夫惨死的经过】
雅科夫被俘，是确有其事？还是纳粹德国的谣言攻势?当初忽而说雅科夫不在人世，忽而又说他已逃出虎口，令人莫衷一是。
关于雅科夫为国捐躯的详情，直至37年后才大白于天下，此时距斯大林去世也有27年之久了。实际上，早在1945年德国投降时，英国政府即已获悉斯大林长子的惨死的经过。英外交部官员建议将这份文件束之高阁，他们说：儿子牺牲的详情细节，只会引起斯大林元帅无谓的悲痛。直至后来英国媒体获准查阅档案材料，方知当初为何要做出这个决定。
雅科夫被俘后曾先后辗转好几个地方：柏林盖世太保的拷问室、吕贝克战俘营、哈默尔堡战俘营。起初关入集中营的监狱，后来则移至对外保密的囚室，囚室位于特别监禁营，用一道高墙和通上高压电流的铁丝网与集中营隔绝开来，由党卫军看守。
1943年2月，因德军在斯大林格勒遭受惨败后，雅科夫拒绝参加反苏宣传，盖世太保首脑希姆莱亲自下令将他押送至距柏林仅20公里的萨克森豪森集中营。当时德方曾试图通过红十字会的渠道，用雅科夫同斯大林格勒被俘的保卢斯元帅作交换。但斯大林斩钉截铁地表示：“我决不拿士兵去换元帅!”
雅科夫牺牲的经过骇人听闻：他是在萨克森豪森集中营自杀身亡的。英国飞行员托马斯·库欣曾与雅科夫同在该集中营，所有与雅科夫一起关在该集中营的英国飞行员，仅托马斯·库欣一人活的长寿。他对此记忆犹新：
即使在纳粹分子中间，萨克森豪森集中营也是臭名远扬。押送到该处的多半是苏联战俘。仅1941年一年，这个集中营就枪杀了1800名苏联战俘。随后几年，战俘死亡率更是一路走高，因为丧尽天良