阿巴亥于明万历十八年(1590年)出生于乌拉部都城，是乌拉部主满泰之女。1596年，满泰在一次意外事件中被杀，年仅7岁的阿巴亥失去了父亲，被新部主、她的叔父布占泰收养。1601年，为保住乌拉部不受建州女真所灭，在布占泰的同父异母妹妹滹奈先前嫁给了努尔哈赤的同母弟弟舒尔哈齐之后，年仅12岁的阿巴亥由布占泰做主，嫁给了比自己大31岁、当时已有七位妻妃的努尔哈赤，布占泰亲自把她送到建州女真的费阿拉城。
万历二十一年(1593)，叶赫、乌喇等九部联合进攻建州，结果被努尔哈赤打得大败。乌喇部的首领布占泰被俘，三年后才被释放。布占泰尝到了努尔哈赤的厉害，不敢再与建州作对。万历二十九年(1601)十一月，努尔哈赤毫不费力地灭了哈达部。哈达部的灭亡，使布占泰心惊肉跳。他深知努尔哈赤雄心勃勃，早有吞并各部的野心，为保住乌喇，布占泰决定把兄长满泰(此时已死)的女儿阿巴亥嫁给努尔哈赤为妻。
万历二十九年(1601)十一月，布占泰亲自送阿巴亥到建州，与努尔哈赤成婚。当时努尔哈赤已43岁，而阿巴亥还只是个刚刚11岁的孩子。据说幼小的阿巴亥不仅丰姿貌美，而且颇有机变，这个不得而知，但是对于当时四十好几的努尔哈赤来说，阿巴亥至少是可爱的。两年后，13岁的阿巴亥就被努尔哈赤册为大福晋。作为一个既无资历又无子女的少女来说，这份殊荣除了努尔哈赤对于和乌拉关系的考量，更多的还是由于对她的宠信。
万历三十三年(1605)七月十五日，阿巴亥为努尔哈赤生下了第十二子阿济格，万历四十年(1612)十月二十五日，阿巴亥生下了第二十四子