8月13日，日方邀请抵达长崎的北洋水师的官兵上岸购物。但是，个别水兵却跑到妓院嫖娼，与当地警察发生冲突，造成一名日本警察受重伤，一名中国水兵受轻伤。当时，《长崎快报》报道说：“有一群带有醉意的水兵前往长崎一家妓馆寻乐，因为发生纠纷，馆主前往警察局报告。一日警至，已顺利将纠纷平静，但由于中国水兵不服，不久乃有6人前往派出所论理，非常激动，大吵大闹，引起冲突。日警一人旋被刺伤，而肇事的水兵也被拘捕，其他水兵则皆逃逸。”
英国驻长崎领事在一份报告中则称：“有一中国水兵与妓馆的仆人在街上争吵，警察前来干预，水兵遂将之刺伤，但那水兵也受了轻伤。”
李鸿章后来也承认：“争杀肇自妓楼，约束之疏，万无可辞”。但他又说：“弁兵登岸为狭邪游生事，亦系恒情。即为统将约束不严，尚非不可当之重咎，自不必过为急饰也。”“武人好色，乃其天性，但能贪慕功名，自然就我绳尺”，对水兵的违纪行为表现出一种宽容。在李鸿章看来，嫖妓引起的冲突只能算是一件小事。
二、李鸿章深信，“长崎事件”错在日本
然而，事态很快就扩大了，竟酿成一场骚乱，被称为“长崎事件”。
8月15日，李鸿章授意全舰队放假一天，并允许450名水兵上街自由观光。丁汝昌鉴于前日的冲突，严禁上街观光的水兵不许带械滋事。但在广马场外租界和华侨居住区一带，中国水兵遭到日本警察有预谋的袭击，便发生大规模冲突。结果双方死伤80多人，其中中方水兵死亡人数多于日本。
当时，数百名日本警察将各街道两头堵塞，围住手无寸铁的中国水兵挥刀砍杀。当地居民也在日本警察的煽动下从楼上往下浇沸水，掷石块，甚至有人手拿刀棍参与混战。中国水兵猝不及防，又散布在各条街上，结果吃了大亏，被打死5人，重伤6人，轻伤38人。日本警察被打死1人，伤30人，当地市民负伤多名。
李鸿章深信此事错在日本：“长崎之哄，发端甚微。初因小争，而倭遂潜谋报复，我兵不备，致陷机牙。观其未晚闭市，海岸藏艇，巡捕带刀，皆非向日所有，谓为挟嫌寻衅，彼复何辞?”是非