这两人失败后，联手一致对外，给得意中的钱谦益安上了“盖世神奸”的绰号。崇祯对奸臣极为敏感，生怕重蹈哥哥天启的老路，于是下诏将钱谦益革职，撵回老家。温体仁和周延儒则高高兴兴一起进入内阁。他们怕钱谦益东山再起，于是就唆使他人诬告，害得钱谦益于崇祯十年被打入刑部大狱，差点被治罪。钱谦益费了九牛二虎之力，四处求爷爷告奶奶，才被放了出来。
经过这次打击，钱谦益在崇祯一朝几乎未受重用。之所以用“几乎”这个词，是因为在崇祯十七年间一连换了50个宰相后，国家非但未能好转，反而越来越差。病急乱投医的皇帝想起了钱谦益，决定起用他。但是下圣旨的使臣没跑过李自成的大军，使臣还没见到钱谦益，北京城就已被攻破，崇祯皇帝在煤山上吊自杀，明朝灭亡。
明码标价，兜售皇位
明朝灭亡了，但是老朱家在江南还有一多半资产。作为明朝的第二首都，南京拥有一套完整的中央机构，安置了一些不得志的官员。钱谦益和一干大臣集中到南京，准备拥立一位朱元璋的后代登基称帝，重建明朝。当时崇祯的三个儿子全都没能跑出北京，能挑选的也只有藩王了。
当时可供选择的有福王、桂王、惠王和瑞王。后三个远在西南，路途遥远，最近的只有跑到淮安的福王朱由崧。但是以钱谦益为首的东林党当年在国本之争中反对前任福王朱常洵立储，害怕他的儿子秋后算账，所以倾向于拥立同样避祸淮安的潞王朱常涝。
打定主意，钱谦益派人前去对潞王致以诚挚的慰问，然后邀请他马上到南京就任南明王朝皇帝。潞王正要说声谢谢，来人又笑眯眯地说，不过在这之前您要先掏15万两白银。潞王蒙了，当皇帝还要掏钱?而且15万未免太多了吧?于是，他们就开始砍价，结果潞王实在没钱，买卖告吹。
钱谦益在这边和潞王扯皮，另一边的凤阳总督马士英则展开行动，纠集大批军阀拥立福王成功。崇祯十七年五月十五日，福王在南京登基称帝，年号弘光。
投降清朝，晚节尚保
南明政权从诞生的一刻起，就内讧不断，腐败如前，彻底继承了晚明的一切恶