戚家军创立之后，便开始南征北战，在东南沿海地区打得倭寇闻风丧胆，台州之战、福建之战、兴化之战等重创倭寇，嘉靖44年，戚家军基本平定了东南沿海地区倭寇之患。
纵观整个明朝历史，大明王朝的主要敌人还是来自于北方的游牧民族，所以在戚继光抗倭成功之后，朝廷便将戚继光调去了北方抵抗鞑靼。
但是戚继光所领导的戚家军都是从浙江招募的子弟兵，而北方驻守边关的士兵大多是来自北方的男儿，因各方面的因素影响，随着时间的流逝，军中就有了南北之争。
后来明朝内阁首辅张居正病逝，戚继光在朝中的大靠山没有了，便有人开始弹劾戚继光。因为戚继光功劳太大，而且戚家军战斗力强悍。自古以来，皇帝都害怕将军拥兵自重，所以万历皇帝就将戚继光调回了北京，而把戚家军留在了蓟镇。后来戚继光又遭弹劾被罢免了官职，最终郁郁而终。
随着张居正病逝，戚继光调走，戚家军在蓟镇的南北之争中就已经处于劣势了。但是此时朝廷还要倚仗戚家军打仗呢，所以不便于撕破脸皮。
万历二十年，丰臣秀吉强攻朝鲜，朝鲜告急，万历皇帝便派遣军队援朝抗倭，其中戚家军便是抗倭主力。
平壤战役，戚家军将领吴惟忠第一个率兵攻入平壤，按理说，吴惟忠应得首功，但是因为主将宋应昌和提督李如松都是北方将领，明明是吴惟忠先攻破的平壤，他们却把功劳给了北方将领杨元。这样一来便激起了戚家军的不满，也为后来的兵变埋下了隐患。
这场南北之争涉及层面非常广并不局限于军中，朝堂之上，也是如此。张居正、戚继光去世后，继任者张四维等是北方人，多少会偏向老乡。等戚继光死后，尤其是支持南兵的宋应昌被罢官后，南兵更加势单力孤，无人为他们说话，前面答应的饷银，更是不知找谁去要。
蓟镇总兵王保，当然就是北方人。所以，蓟镇兵变的爆发，就是南北矛盾的爆发，在这次兵变中，缺少支持的南兵被心怀怨恨的北方军官诱杀，随后再扣上个谋反的罪名，这才是事实的真相。
蓟镇之变，其实可以看做是对万历，对明帝国的一个警告。身为九边重镇之首的蓟镇出了这样的事，一定是哪些制度、哪些环节上出了问题，这样继续下去，大明帝国很危险。可惜，万历和群臣选择性忽略了！
自此，抗倭名将戚继