永和十二年，桓温第二次北伐，击败羌族贵族姚襄，收复洛阳。隆和元年(362年)，桓温向晋穆帝建议还都洛阳;又建议自西晋末年南迁的土庶人等，一律返回故乡。但上自皇帝下至达官贵人，均安于江南一隅，不愿北还，纷纷反对。桓温的建议未被采纳。前燕趁东晋大臣相互猜忌和牵制之际，占领洛阳。第三次北伐是在太和四年(369年)，桓温率步骑五万人大败前燕军，进抵枋头(今河南浚县)。可是前燕得到前秦的支援，截断了晋军的粮道，桓温只得退兵。在退兵途中，晋军遭到前燕骑兵的追击，死伤三万人。
太和六年(371年)，桓温废帝奕为东海王(即海西公)，改立简文帝，自己则以大司马镇姑孰专擅朝政，不久病死。
宋武帝刘裕(363年4月16日-422年6月26日)，字德舆，小名寄奴。彭城郡彭城县绥舆里人，生于晋陵郡丹徒县京口里。中国东晋至南北朝时期杰出的政治家、改革家、军事家，南朝刘宋开国君主(420年7月10日-422年6月26日在位)。
东晋末年，北府将领刘裕控制朝政。占据山东地区的鲜卑慕容氏南燕政权，此时便乘东晋衰乱之际屡次侵扰东晋边境。义熙五年(409年)二月，慕容超大掠淮北，刘裕兴兵北伐。
四月，率水军从建康北上，沿淮河，越大岘(今山东沂水北穆陵关)，次年攻破南燕都城广固(今山东益都西北)，收复青、兖两州，追获慕容超，斩首建康。
七年(411年)，镇压卢循起事军。
八年(412年)，消灭了刘毅，以及可能形成威胁的诸葛长民、晋朝宗室司马休之等，清除异己势力，巩固了后方。
九年(413年)，西攻谯纵，收复巴蜀。
十二年(416年)后秦主姚兴病卒，子姚泓继立，兄弟相杀，关中扰乱。刘裕乘机率大军分兵四路北伐后秦，进攻关洛。途经黄河，击败北魏军。翌年进克洛阳，至潼关，命大将王镇恶直趋长安，姚泓投降，后秦亡。晋军收复长安，在少数民族统治下达百年的汉族百姓纷纷响应。这时留在朝廷坐镇的尚书左仆射刘穆之病故，刘裕怕政权旁落他人之手，便留次子刘义真镇长安，王修、王镇恶等率兵万余辅佐，自己仓促返回建康。长安留守军内讧，夏主赫连勃勃乘机夺取关中。刘义真虽被迫撤出长安，但自潼关以东、黄河以南直至