清军颁布剃发令，嘉定百姓拒不从命。乡绅侯峒曾带领嘉定绅民起义反清，清吴淞总兵李成栋立即领兵五千来攻。
嘉定城城破，李成栋下令屠城，市民之中，悬梁者，投井者，投河者，血面者，断肢者，被砍未死手足犹动者，骨肉狼籍。妇女们惨遭强奸。如遇抵抗，军队就用长钉把抵抗妇女的双手钉在门板上，然后再肆行奸淫。大屠杀持续了一天，直到尸体堵塞了河流，大约有三万多人遇害。李成栋率军离开嘉定城。
但嘉定城的劫难仍然没有结束。李成栋大屠杀后的三四天，侥幸逃脱的嘉定的幸存者开始溜回城里。他们回城后在一个叫做朱瑛的义士领导下，重新集结起来，共两千多人。朱瑛领导着幸存者们在这座残破的城市展开了一场反屠杀运动，处死了归降清军的汉奸和清军委派的官吏。
李成栋又领着军士直杀入城里，把许多还在睡梦中的居民杀个精光，积尸成丘，然后放火焚尸。清军杀得兴起，嘉定又惨遭“二屠”。
二十多天后，原来南明的一个名叫吴之番的将军率余部猛攻嘉定城，周边民众也纷纷响应，杀得城内清兵大溃出逃。不久，李成栋整军反扑，把吴之番数百士兵砍杀殆尽，顺带又屠杀了近二万刚刚到嘉定避乱的民众，血流成渠，是为著名的“嘉定三屠”。
参考文献：“市民之中，悬梁者，投井者，投河者，血面者，断肢者，被砍未死手足犹动者，骨肉狼籍。”清兵“悉从屋上奔驰，通行无阻。城内难民因街上砖石阻塞，不得逃生，皆纷纷投河死，水为之不流。”“日昼街坊当众奸淫。”有不从者，“用长钉钉其两手于板，仍逼淫之。”，“兵丁每遇一人，辄呼蛮子献宝，其入悉取腰缠奉之，意满方释。遇他兵，勒取如前。所献不多，辄砍三刀。至物尽则杀。”(《嘉定乙酉纪事》)
常熟大屠杀
“通衢小巷，桥畔河干，败屋眢井，皆积尸累累，通记不下五千馀人，而男女之被掳去者不计焉。”“沿塘树木，人头悬累累，皆全发乡民也。”(《海角遗编》)
昆山大屠杀
昆山之屠的时间是是公元1645年（南明弘光元年七月初六日），昆山县人民杀该县清委知县阎茂才，起兵反清，引起满清“吴淞总兵”李成栋、“刑部侍郎”李延龄在南直隶昆山县进行的一次大规模屠城。
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