对于载淳的死因，众说纷纭，有的说载淳是死于天花，有的说是死于梅毒。
前些年，在清代档案中发现了属于清代皇帝脉案档簿(以下简称“脉案”)的《万岁爷进药用药底簿》一份。
据记载，载淳于同治十三年十月三十日得病卧床。当天下午，太医院判李德立和御医庄守和诊断，结果是：“脉息浮数而细。系风瘟闭来，阴气不足，不能外透之症，以致发热头眩，胸满烦闷，身酸腿软，皮肤发出疹形未透，有时气堵作厥。”
御医只清第一次脉就能做出上述的明确诊断，主要是因为载淳之病来势很凶，“疹形”表发得较显着。御医对此开出了用生地、元参、牛蒡子、芦根等十二味药配制的“益阴清解饮”，进行避风调理。
同治仅服了一次药，效果便显出来了。第二天早上，夹杂着瘟痘的疹形即透出，也不似昨日那样烦闷堵厥了。但是，疹痘初发，未至出透，致使“瘟热熏蒸肺胃，以致咽喉干痛，胸满作呕，头眩身热，气颤谵言”。御医议用“清解利咽汤”对此进行调理。巳初三刻服药后，效果明显，是日午刻即“脉息浮洪，头面周身疹中夹杂之痘颗粒透出”。
这样，经御医们精心医治护理不足两天，痘颗虽然开始表发了，有些症状也有减退的迹象，但是由于瘟热毒滞过盛，以致头面、颈项发出的痘粒很稠密，而且痘颗颜色紫滞，又有咽痛作呕，身颤口干，便秘溺赤之内症。很明显，痘料透出后过盛的毒滞并没完全随之表发出来，最后用药无效，以致于身亡。
根据这些记载，有人便认为同治是死于天花，但这些记载只是宫廷里的片面记载，而民间的大多传闻却说同治帝是死于梅毒。
在一些正规学术著作里都记载着同治帝微服出宫，嬉戏游乐，甚至出入烟馆妓院的故事，如萧一山所著《清代通史》中就有同治因出游而患梅毒终致死亡的记载。
据记载，同治帝与皇后阿鲁特氏相亲相爱，但慈禧太后不喜欢阿鲁特氏。慈禧开始常命皇后等人陪她看戏。但皇后文静、不爱热闹，每次看到男女私情，