皇始元年(396)秋七月，右司马许谦上书劝拓跋珪进尊号，“帝始建天子旌旗，出入警跸，于是改元。”
皇始三年(398年)，拓跋珪迁都平城，营建宫殿、宗庙、社稷。同年十二月二日(399年1月24日)，改元天兴，即皇帝位。《魏书·卷二·帝纪第二》：(天兴元年)秋七月，迁都平城，始营宫室，建宗庙，立社稷。....闰月，左丞相、骠骑大将军、卫王仪及诸王公卿士，诣阙上书曰："臣等闻宸极居中，则列宿齐其晷;帝王顺天，则群后仰其度。.....宜光崇圣烈，示轨宪于万世。臣等谨昧死以闻。"帝三让乃许之。十有二月己丑，帝临天文殿，太尉、司徒进玺绶，百官咸称万岁。大赦，改年。
拓跋珪晚年刚愎自用、猜忌多疑，随意诛杀大臣。
天赐四年(407年)至天赐六年(409年)间，拓跋珪先后诛杀了和跋、奚牧、司空庾岳、北部大人贺狄干兄弟及高邑公莫题父子。
看看《魏书·列传第十六》的记载，司空庾岳是如何被诛杀的。“岳(庾岳)为将有谋略，治军清整，常以少击多，士众服其智勇，名冠诸将。”“公廉平当，百姓称之。旧有园池，时果初熟，丞吏送之，岳不受，曰：‘果未进御，吾何得先食?’其谨如此。”天赐四年，庾岳奉诏来到南宫。候官告诉皇帝说庾岳衣服鲜丽，行止风采，都比照君主的仪仗。太祖当时龙体欠安，由此不再信任庾岳，并厌恶他，最后终于诛杀之。
到了天赐六年(409)，状况进一步恶化，拓跋珪由于病情加重，服食寒食散。自太医令阴羌死后，药效发作日甚一日;忧懑不安，或者数日不食，或者通宵达旦不睡觉，喜怒无常。追思既往成败得失，终日竟夜自言自语，好像在和身旁的鬼说话。朝臣走到面前，或者是追究他们从前的过失而将他们杀害;或者由于他们脸色变化、喘息不调、行步乖节、言辞失措，太祖皆以为这些朝臣心怀不满，就亲自动手击杀他们，死者皆陈天安殿前。大臣们大都惶恐度日，影响办事能力，以至偷窃等行为十分猖獗。
天赐六年(409年)十月十三日，道武帝次子清河王拓跋绍的母亲贺夫人因有过失，被囚禁在宫中，将要被处死。由于天色已晚，道武