两次派人招降失败，隋炀帝大为恼火，直接派兵去攻打流求。
根据《隋书·陈棱传》的记载，隋朝将领陈棱率领一万多丹阳兵去攻打琉球。渡海就用了一个月，然后，“棱率众登岸，其主欢斯渴刺兜遣兵拒战。”陈棱经过一番大战，最终斩杀了欢斯渴刺兜及其部下几千人，得胜而还。
但是，隋朝对台湾的处置却有点虎头蛇尾，把流求的宫殿捣毁以后，也不设置官府，又抓了几千人后直接回大陆了。兴师动众出兵，最后又虎头蛇尾撤离，其中的原因要从个人性格上分析了。但凡有雄图大略的君主都有很强的征服欲，汉武帝为了大宛马而征西域，隋炀帝三征高丽都是如此。越是难啃的骨头，越要打服为止。至于流求这样的小国，打赢了，气也出了，就这么算了，长期占领也没什么实际利益，于是最终放弃了。
隋炀帝征伐流求这个事情，现在的史学界还在争论一个焦点问题：隋朝攻灭的流求，究竟是今天的台湾岛，还是日本的琉球群岛？本人才疏学浅，也不敢确定。
唐朝的时候，没有官方和台湾交流的记载。但是，从这时候起，因为航海技术的进步，大陆民间与台湾的交流越来越密切。沿海特别是福建的福州，泉州一带的居民，为躲避战乱，纷纷渡海到澎湖一带定居，。
南宋时期，官府开始在澎湖驻兵，保护这里的汉人移民。当时的澎湖，没有设立地方行政机构，而是属于泉州晋江县，“泉有海岛曰彭湖，隶晋江县”（赵汝适所著《诸蕃志》）。
经常有人提出这样一个问题。蒙古攻灭南宋以后，陆秀夫和张世杰等人带着赵氏残存宗室，沿着海岸线一路南逃，最终在崖山彻底灭亡。他们为什么不过海峡去澎湖，然后去台湾岛？
这个问题是脱离了当时具体的历史条件。临安被元军攻占的时候，南方还有大片土地仍然在宋军手里，小朝廷肯定是逃亡自己还控制的地盘，他们怎么可能去未知的台湾岛冒险呢？当他们退到崖山的时候，已经精疲力尽，心态都崩溃了，就没想过再跑了。
元朝的时候，澎湖岛上已经都是汉人，所以元朝在澎湖设立了澎湖巡检司。巡检司的官职是从