大军继续进发，攻陷西夏重镇西凉府。西夏国王献宗惊忧而死，其侄南平王即位，是为西夏末帝。
当年十一月，蒙古大军已夺取灵州，进围西夏首都兴庆府。被围半年后，兴庆府粮尽粮绝，西夏末帝被迫遣使乞降。而在这个时候，成吉思汗的病情也加重了，天气炎热，他不得不到六盘山避暑。
眼见着自己将一病不起，这都是不忠的西夏人导致的。成吉思汗愤恨不已，他决心要把出尔反尔的西夏消灭干净，杀死！而他本人却不能亲手做到了。所以，他留下了第二道遗嘱：一方面令部属隐瞒自己的死讯，使西夏人不再改变投降的主意，使其国王亲自来到蒙古大军的营帐，另一方面，他又密令，要将唐兀人，自父母及其子孙，全部斩尽杀绝，作为他遗体前的祭品。
1227年8月18日，成吉思汗死于六盘山附近的清水县，终年66岁。成吉思汗的部下严格执行他的遗嘱，秘不发丧，等西夏最后一个皇帝来到大汗帐篷外行礼时，以为成吉思汗只是生了病不能见他。三天后，西夏末帝被杀。蒙古大军进入兴庆府(即今宁夏银川)后，大肆屠杀。
在成吉思汗的第二道遗嘱下，西夏被灭，从此再未复苏。
第三道遗嘱
《元史》卷一中记载了成吉思汗的第三道遗嘱：
成吉思汗临崩谓左右曰：“金精兵在潼关，南据连山，北限大河，难以遽破。若假道于宋，宋、金世仇，必能许我，则下兵唐、邓，直捣大梁。金急，必征兵潼关。然以数万之众，千里赴援，人马疲弊，虽至弗能战，破之必矣。”言讫而崩，寿六十六，葬起辇谷。
成吉思汗临终前仍念念不忘自己的恢弘事业。他令人惊奇地在咽下最后一口气前，竟如此清晰地说出一个关系着蒙古、金、南宋三个大国的生死存亡的作战方略。这一道最后遗嘱是非常完备的，其主要策略是避实击虚、以逸待劳、联宋灭金，而隐含的策略还有假道灭虢，即先借宋朝的道路灭掉金国，然后返回头来再灭宋。不仅如此，成吉思汗还非常具体地指出了出兵的路线，并按照南宋与金国的关系，指出方案可以实施的现实依据。
金国是女真族建立的王朝，崛起于黑龙江流域，曾一度辉煌，灭辽国、灭北宋，同时也迫使蒙古各部落向其称臣，接受其苛刻的领导