这时城墙被撞垮了约二丈多，袁崇焕亲自搬石来堵塞缺口，连续两次中箭受伤。部将劝他保重，他厉声道：“宁远虽只区区一城，但与国家的存亡有关。宁远要是不守，数年之后，咱们的父母兄弟都成为鞑子的奴隶了。我若胆小怕死，就算侥幸保得一命，又有什么乐趣?”撕下战袍来裹了左臂的伤口又战。将士在他的榜样之下，人人奋勇，终于堵上了缺口。
二十五日，后金军又来猛攻，袁崇焕率将士死战。红夷大炮发挥了巨大的威力，炮过之处，后金军死伤无数。勇猛善战的女真兵有些迟疑了，进攻队形出现了混乱。努尔哈赤大怒，再次到阵前督战。袁崇焕发现远处黄旗下有一人在指挥后金军攻城，于是令明军开炮轰击。一炮正中旗侧，指挥之人受伤倒下，周围的后金士兵立即扑上抢救，放声大哭。不久，后金军的攻势就停止了。袁崇焕不知，明军击伤的正是努尔哈赤本人。努尔哈赤被救回营后即下令停止攻城，第二天撤军而去。这是努尔哈赤一生打的唯一的一次败仗。
宁远一仗打得极是惨烈，后金军扔在城下的尸体足有上万具，而明军射出的箭支也有十几万支，城内贮存的火药也快打光了。宁远坚固的城墙上被后金军挖出了70余个洞穴，如果再打下去，局面真是非常危险。满城的百姓见绝处逢生，不由恍若隔世，全都伏地大哭，纷纷拜谢袁崇焕救命之恩。
第二天早晨，袁崇焕派人送了一份礼物和一封书信给正要退军的努尔哈赤，信中说：“老将军横行天下为时已久，今日败在我的手里，只怕是天意了。”努尔哈赤虽受重伤，但对袁崇焕也很钦佩，于是回送礼物及名马，约期再战。
撤军路上努尔哈赤对几个儿子说：“我自25岁起兵以来，战无不胜，攻无不克。为什么单是宁远一城就打